Mercan Ağa Camii, İstanbul'un Merkez Fatih İlçesi, Mercan’da Örücüler ve Tığcılar sokakları arasında bulunmaktadır.
Mercan Ağa Camii’nin banisi belli değildir.
Yığma ahşap caminin,dıştan dışa boyutları 21.65*17.15 m.dir.
Duvar ise 1,25 metre kalınlığındadır.
4,65 metre derinliğindeki son cemaat mahalli bu ölçülerin içindedir.
Abdest alma yeri ve kuyudan beslenen çeşmeleri yanında yeterli tuvaleti de bulunan caminin, görevlileri için iki adet meşrutası vardır.
Caminin bir İmam-Hatip ve bir Müezzin-Kayyım olmak üzere iki görevlisi mevcuttur.